As Linhas de Pesquisa do programa, num total de nove, estão distribuídas em três Áreas de Concentração:

1. Manejo do Solo e da Água:

1.1 Dinâmica da Matéria Orgânica do Solo;

1.2 Manejo Sustentável do Solo e Água;

1.3 Solos Afetados por Sais.

2. Pedologia:

2.1 Gênese e Classificação do Solo;

2.2 Levantamento de Solos e Sistemas de Informações Geográficas;

2.3 Mineralogia e Geoquímica do Solo.

3. Química, Fertilidade e Biologia do Solo

3.1 Associações biológicas no sistema solo-planta;

3.2 Fertilidade do Solo, Adubação e Nutrição de Plantas;

3.3 Química e Poluição do Solo.